Форум » Новости-новинки » "Андроновцы" и "тагарцы" принадлежали к R1a1 - первый успех типирования древнего Y-ДНК » Ответить
"Андроновцы" и "тагарцы" принадлежали к R1a1 - первый успех типирования древнего Y-ДНК
Владимир: First successful assay of Y-SNP typing by SNaPshot minisequencing on ancient DNA. Bouakaze C, Keyser C, Amory S, Crubézy E, Ludes B. Institute of Legal Medicine, EA3428, Strasbourg, France, caroline.bouakaze@ulp.u-strasbg.fr. In the present study, a set of 13 Y-chromosomal single nucleotide polymorphisms (Y-SNPs) selected for the identification of the most frequent Asian Y-haplogroups was included in an allele-specific primer extension assay. Single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping was accomplished by co-amplification of these 13 DNA fragments within 2 multiplex PCRs followed by detection with 1 minisequencing reaction using the SNaPshottrade mark Multiplex kit and analysis of extension products by capillary electrophoresis. First developed on modern samples, the assay was optimized for the analysis of 11 ancient DNA (aDNA) samples from the Krasnoyarsk region (southern Siberia) that were dated from 5,500-1,800 years before present (YBP). SNP typing was successful for most of them, which were all assigned to Y-haplogroup R1a1 except one. These results show that SNPs are well-suited for the analysis of aged and degraded DNA samples. Moreover, we found that the SNaPshot minisequencing methodology is a convenient, robust, and efficient method for SNP typing. To our knowledge, this study reports the first successful investigation of Y-SNPs on aDNA samples. The potential use of Y-SNPs in both evolutionary and forensic fields is also discussed. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?tmpl=NoSidebarfile&db=PubMed&cmd=Retrieve&list_uids=17534642&dopt=Abstract Archaeological samples consisted of 11 femoral-diaphyseal bone fragments from unrelated male individuals. These samples originated from the Krasnoyarsk Museum, southern Siberia. One of them was attributed to the Afanassievo culture (3,500–2,500 B.C.), 3 to the Andronovo culture (2,500–1,500 B.C.), 6 to the Tagar culture (800–200 B.C.) and the remaining 1 to the Tachtyk culture (200 B.C.–200 A.D.). ................................................ The typing always failed for 2 samples, the oldest sample belonging to the Afanasievo culture (3,500–2,500 B.C.) and 1 belonging to the Tagar culture (800–200 B. C.). This can be explained by the fact that the DNA content of these two bone samples was too low according to quantitation results (Table S3 of the ESM). Among the nine remaining samples, eight were assigned to Y-haplogroup R1a1 and one to Y-haplogroup C(xC3). В подготовке находится статья этого коллектива по тем-же образцам с анализом по STR и mtDNA маркерам, что повзволит сузить круг возможных родственных популяций. R1a1 одна из основных индоевропейских гаплогрупп, (но также есть с высокой частотой и у киргизов, повидимому из-за субстрата) http://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_R1a1_%28Y-DNA%29 С - типично монголоидная группа http://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_C_%28Y-DNA%29
Ответов - 3
Лена М.: 11 образцов древней ДНК это конечно статистически мощная выборка...
Владимир: Тут как раз недавно была маленькая дискуссия и Вы наверное можете всем рассказать как оценивать репрезентативность выборки?
Сибиряк: 11 образцов древней ДНК это конечно статистически мощная выборка... Здесь мы имеем дело с биномиальным распределением, которое очень быстро сужается с ростом N - числа испытаний. N~10 - не такая уж маленькая выборка, как кажется на первый взгляд. Если мы вынули из корзины 9 шаров и оказалось, что 8 из них белые (R1a1), а один - не белый, то это результат, который трудно игнорировать, поскольку он говорит о том, что доля белых шаров в корзине по крайней мере значительна. Ну и, вообще говоря, высокая частота R1a1 у андроновцев и тагарцев - это вполне предсказуемый результат, но от этого - не менее восхитительный. Главное в том, что положено начало определению у-гаплогрупп по ДНК костных останков древних людей. Не трудно спрогнозировать, что в ближайшие годы нас ожидает вал подобных работ. Также очевидно, что российское исследовательское сообщество оказалось в основном на обочине этого процесса, и нам в определенной степени повезло, что французские товарищи проявили интерес к археологическим культурам на территории нашей страны.
полная версия страницы